En dag forsvandt Marisa pludselig fra Gensokyo. I sin søgen efter hende bliver Reimu trukket ind i en mystisk bog. Inde i bogen findes en mærkelig verden fyldt med biblioteker, ørkener og andre bizarre landskaber – og i hver af disse verdener dukker der noget op, der ligner Marisa. Reimus eventyr overvåges af Remilia, Flandre, Sakuya og Patchouli, der frit kommer med deres egne kommentarer, når de har lyst. Vil Reimu være i stand til at finde den rigtige Marisa?